Вопрос из разряда FAQ (:
Для того, чтобы использовать FLASH запрещаем gns3 автоматически очищать рабочую директорию после завершения, затем просто отформатируем flash: (зависит от типа FS, но скажем проще — от типа команды, которую мы найдем на своём образе — erase или format) и го (: